Sejarah cukai sebenarnya pun sudah wujud sejak Zaman Kesultanan Melayu Melaka pada kurun yang ke-15 lagi.
Pada ketika itu, telah wujud perundangan yang berkait dengan struktur percukaian dan ditadbir oleh Penghulu Bendahari dibantu oleh Shahbandar yang berfungsi menguatkuasakan peraturan bagi perihal perkastaman dan percukaian, khususnya di kawasan pelabuhan.
